L'équipe ougandaise de bioinformatique fête son succès.Crédit : Stephen Kanyerezi
La confirmation qu'Ebola était la cause du décès d'une infirmière de 32 ans à l'hôpital supra-national de Mulago, Ouganda, en janvier, a été faite en 24 heures, grâce à une équipe du centre de génomique des Central Public Health Laboratories (CPHL) du pays, qui restait au bureau pendant toute une nuit.
Au cours de ces 24 heures frénétiques, les scientifiques ont prélevé des échantillons de sang, confirmé les premiers résultats de laboratoire (basés sur des tests de PCR en temps réel, ou réaction en chaîne de la polymérase) et effectué un séquençage préliminaire du génome entier (WGS). Le dossier qu’ils ont présenté au ministère de la santé était indispensable pour déterminer s'il s'agissait du premier cas d'une épidémie potentielle d'une nouvelle souche ou d'une souche que le pays avait déjà rencontrée. L'Ouganda a connu cinq épidémies d'Ebola depuis 2000, ce qui en fait le deuxième pays le plus touché en Afrique après la République démocratique du Congo.
L'équipe a confirmé que le patient était décédé de la maladie à virus du Soudan (MDS), l'une des six souches du virus Ebola, une fièvre hémorragique hautement infectieuse qui se transmet par contact avec des fluides et des tissus corporels infectés et qui réduit la capacité de coagulation du sang. Environ la moitié des personnes qui contractent la maladie en meurent.
L'équipe du CPHL, en collaboration avec des bioinformaticiens du South African National Bioinformatics Institute (SANBI) de l'Université du Western Cape, a également pu établir un arbre généalogique phylogénétique pour le virus afin de révéler ses origines.
Quand c’était complété, cet arbre généalogique a montré que la souche actuelle d'Ebola avait des liens plus étroits avec l'épidémie de 2012 à Luwero en Ouganda, et non, comme on le craignait, avec l'épidémie la plus récente, qui s'est déclarée en 2022. « Nos résultats suggèrent que l'épidémie n'est pas le résultat de quelques cas subcliniques de l'épidémie précédente, mais qu'ils partagent plutôt une origine épidémiologique avec l'épidémie de 2012 », explique Isaac Ssewanyana, directeur des services de laboratoire du CPHL.
« Alan Christoffels, directeur de la SANBI, ajoute : « La question qui se pose actuellement est de savoir s'il s'agit d'une continuation de l'épidémie de 2022 et si des personnes malades n'ont pas été détectées au cours des deux ou trois dernières années, transmettant potentiellement la maladie ».
Les personnes qui ont contribué à cet effort reconnaissent que les collaborations, formelles et informelles, forgées depuis la pandémie de COVID-19 ont contribué à la rapidité d'exécution des dossiers finaux. Le déploiement d'équipements de séquençage au cours de la pandémie, accompagné d'une formation offerte par la SANBI, a permis de mettre en place un réseau de scientifiques qui peuvent désormais collaborer rapidement.
« Ce que nous et nos collègues ougandais avons réussi à faire - et je pense qu'il s'agit d'une sorte de record mondial de vitesse en génomique - est dû en partie à la technologie, mais aussi à l'état de préparation », explique Peter van Heusden, chercheur au SANBI, qui, en 2020, avait travaillé avec l'Institut national sud-africain des maladies transmissibles (NICD) pour générer les premières séquences génomiques d'Afrique du Sud pour le SRAS-CoV-2, le virus qui cause le COVID-19.
« Nous avons démarré sur les chapeaux de roues et nous savions à qui nous adresser pour obtenir de l'aide », ajoute M. Van Heusden.
Les équipes ougandaise et sud-africaine ont maintenant mis ces informations à la disposition du monde entier. Leurs résultats ont été partagés sur des plateformes internationales hébergées par virological.org et Pathoplexus, toutes deux conçues pour encourager la collaboration mondiale afin d'accélérer les réponses de santé publique lors de l'apparition de maladies.
Selon les scientifiques, ce modèle de collaboration pourrait grandement contribuer à améliorer l'identification, le suivi, la surveillance et la lutte contre les épidémies en Afrique.
